水产种质资源保护区是指为保护水产种质资源及其生存环境，在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，依法划定并予以特殊保护和管理的水域、滩涂及其毗邻的岛礁、陆域。水产种质资源保护区分为国家级水产种质资源保护区和省级水产种质资源保护区。

目前，南平共有六个国家级水产种质资源保护区，分别是：武夷山九曲溪光倒刺鲃保护区、建瓯建溪细鳞斜颌鲴保护区、顺昌麻溪半刺厚唇

鱼保护区、浦城南浦溪半刺厚唇鱼保护区、光泽西溪中华

鳖保护区和松溪河厚唇鱼保护区。