近70年来，全所紧紧围绕“海洋生物资源开发与可持续利用”研究这一中心任务，在海洋生物资源与环境、捕捞技术、海水增养殖、水产品加工与质量安全等领域先后承担和完成了国家和省部、市级重大科研课题1300多项。

取得了300多项重大科研成果，共获得国家级奖励43项（其中以第一完成单位获得国家科技进步一等奖2项、二等奖5项，国家技术发明二等奖3项），省部级奖励160多项；授权专利400余项；在国内外专业期刊发表学术论文5000多篇，编辑出版专著百余部。