中国水产科学研究院立足国家需求和产业发展，不断推进渔业关键技术创新，促进科技成果转化，为我国渔业经济快速发展做出积极贡献。建院以来，水科院共取得各类科研成果3800余项，获得国家和省部级奖励760多项，其中国家奖57项，以占全国水产科研单位20%左右的科技人员，取得全国水产行业约50%的国家和省部级奖励成果。

2008年以来，在国家相关科研项目的资助下，水科院面向保障国家食物安全的重大战略，瞄准世界渔业科技前沿，在科技创新和实际应用方面取得了一系列重要进展，共获得7项国家级奖励。通过远洋渔业资源开发与高效利用、鱼类基因资源发掘与种质创制、优良品种培育与产业化推广、重要养殖对象苗种规模化繁育与健康养殖技术应用等国家级科研成果，为新时期推动我国渔业产业升级发展发挥了重大原创性作用。