基因芯片是提升育种效率、培育抗病、抗逆及优质等新品种的重要分子工具。近年来，针对对虾基因组育种缺乏低成本、高通量的基因芯片现状，中国水产科学研究院黄海水产研究所孔杰研究员团队研制出40K SNP基因芯片“黄海芯1号”。依据多代系谱，采用一步法基因组选择技术，“黄海芯1号”已经应用于对虾的商业化育种中，在提高致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌（VpAHPND）、白斑综合征病毒（WSSV）抗性和生长速度等方面取得显著进展。
研究团队对世界上重要对虾养殖群体和品系进行了全基因组重测序，获得6百万个有效SNP标记，经过整合WSSV抗性、氨氮耐受性、饲料转化效率等相关SNP位点，选留45815个标记并构建了液相芯片。利用该芯片的基因型检测结果，对VpAHPND和WSSV侵染的抗性开展一步法基因组选择，准确性比传统的BLUP方法高29%-91%。该团队已经与石家庄博瑞迪生物技术有限公司签约，联合开展育种技术服务与SNP基因型检测服务。目前，“黄海芯1号”已推广应用于4个凡纳滨对虾的遗传育种项目，分型个体数量超过2000尾。
对虾40K SNP育种芯片“黄海芯1号”的研发，为凡纳滨对虾基因组亲缘关系鉴定、遗传结构与遗传多样性分析、多性状基因组选择等提供了重要工具，对进一步推动对虾种业的快速发展起到至关重要的作用。
图1 “黄海芯1号”对虾基因芯片的SNP位点分布图
图2 世界上主要对虾品系的“黄海芯1号”聚类图
图3 世界上主要对虾品系的“黄海芯1号”亲缘关系热图
